有機肥料的作用有以下兩方面：

(1）改良土壤，培肥地力。有機肥料中的主要物質是有機質，施用有機肥料增加了土壤中有機質的含量。有機質可以改善土壤物理、化學和生物特性，熟化土壤，培肥地力。

（2）增加作物產量和提高農產品品質，氨基酸等物質，不氮、磷、鉀等養分外，還含有多種糖類，氨基酸等物質，不僅可為作物提供營養，而且可以促進土壤微生物的活動。有機肥料還含有多種微量元素，如畜禽糞便每100千克中含硼2.2～2.4克，鋅2.9～29.0克，錳14.3～26.1克，鉬0.3～0.4克，有效鐵2.9～29.0克。有機肥和化肥配合施用增產效果顯著，而且能改善產品的品質，使蔬菜中硝酸鹽、亞硝酸鹽含量降低，維生素C含量提高，增加瓜果中的含糖量。