雖然大多數復合肥都必須是多元的，但仍然不能完全取代有機肥，有條件的地方應盡量增加腐熟有機肥的施用量。復合肥與有機肥配合施用，可提高肥效和養分的利用率。有機肥的施用，不僅改良土壤，活化土壤中的有益微生物，更重要的是節省能源，減輕環境的污染。使用一些生物有機肥，不但可免去傳統制作有機肥的繁瑣過程，而且可為土壤提供大量的有益微生物活化土壤養分，減少連作障礙。

某些專用復合肥雖然根據作物的需肥特點、土壤的供肥特性確定了適宜的養分配比，但也很難完全符合不同肥力水平土壤上作物實際生長的要求，因此有必要根據作物的實際生長情況、再配合使用一些單質肥。如在缺氮土壤上對需氮較多的葉菜類需使用一些氮肥，在缺鉀土壤上對需鉀較多的西瓜后期要使用一些鉀肥。